Die künstliche Intelligenz (KI) in Far Cry soll die beste werden die es jemals in einem PC-Spiel zu sehen gab. Wie die KI-Technik von anderen Zukunfts-Titeln wie 'Half Life 2' oder 'Doom 3' soll auch die KI in Far Cry nicht gescripted sein, sondern sich den Aktionen des Spielers anpassen. Die Gegner gehen ihren Lieblingsbeschäftigungen nach, solange kein Alarm ausgelöst wird. Sie lesen Bücher, sprechen mit ihren Kameraden oder hantieren an ihren Waffen. Wenn dann aber Alarm ausgelöst wird, fragen sie was passiert ist, und begeben sich ins Gefecht.

Vielfach sind sie zusammen in einer Gruppe mit einem Anführer. Dieser gibt ihnen Anweisungen, welche sie dann auch ausführen. Bei Schusswechseln suchen sie geschickt Deckung hinter Steinen, Kisten und Bäumen. Dann lassen sie sich meist nur kurz blicken um einige Schüsse abzugeben. Es kommt auch vor, dass mehrere Gegner den Spieler versuchen, einzukreisen, um dann gemeinsam zuzuschlagen. Gegner wechseln sogar die Waffen, ihr Kommandant holt per Funk Unterstützung aus der Luft, aus dem Boden oder übers Wasser.

Die Gegner sind sehr aufmerksam. Wenn sie ein Geräusch gehören schauen sie nach und rufen je nach Situation. Wenn man den Anführer einer Gruppe von Gegnern ausschaltet, sollen die übrig gebliebenen der Gruppe leichter auszuschalten sein, da sie keine Kommandos mehr bekommen sondern nur noch "kopflos" herumrennen und auf den Spieler schiessen. So werden die Kämpfe im dichten Urwald nie langweilig, dank einer hervorragenden KI.